2005 Se cumplen 35 años de su fundación. La UNE ingresa a la ANUIES (Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior). Se abren

2004 La UNE recibe la segunda Acreditación de la FIMPES.

2003 Inicia el Plan Institucional de Desarrollo Estratégico 2003-2010.

2002 Egresaba la primera generación de la Licenciatura en Administración de la Tecnología Informática (LATIN).

2001 La Escuela de Medicina “Dr. José Sierra Flores”, era acreditada por la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina, A.C. (AMFEM).

2000 Se celebra el 30 aniversario de la UNE y se implementa el Modelo Educativo UNE 2000.