2003 Inicia el Plan Institucional de Desarrollo Estratégico 2003-2010.

2002 Egresaba la primera generación de la Licenciatura en Administración de la Tecnología Informática (LATIN).

2001 La Escuela de Medicina “Dr. José Sierra Flores”, era acreditada por la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina, A.C. (AMFEM).

2000 Se celebra el 30 aniversario de la UNE y se implementa el Modelo Educativo UNE 2000.

1999 La licenciatura en Psicología es acreditada por el Consejo Nacional para la Enseñanza e Investigación en Psicología (CNEIP).

1998 Se integraba el primer Plan de Desarrollo 1998-2003. Inician las actividades del proyecto de diseño de un nuevo Modelo Educativo.